1º. En la carpeta de tu tema (o child theme) creamos una carpeta con el nombre js. Si ya existe la utilizamos.

2ª. Creamos un archivo llamado popup.js con el editor de texto y lo guardamos en la recién creada carpeta js. En el archivo creamos la función:

jQuery(document).ready(function($) {
$('.popup').click(function() {
var NWin = window.open($(this).prop('href'), "scrollbars=0,height=400,width=400");
if (window.focus)
{
NWin.focus();
}
return false;
});
});

Ahora, abrimos el archivo functions.php de tu tema. Si no lo tiene, simplemente, lo creamos y añadimos el siguiente código:

//* Register and Enqueue scripts for popup
function cc_popup_script() {
wp_register_script( 'popup', get_stylesheet_directory_uri() . '/js/popup.js', array( 'jquery' ), '1.0.0', false );
wp_enqueue_script( 'popup' );
}

add_action('wp_enqueue_scripts', 'cc_popup_script');

4º. Por último, añadimos la clase “popup” a aquellos enlaces que quieras que se abran en un popup y !listo!
Ejemplo:

<a class="popup" href="http://localhost/wordpress/index.php/pop-up">ejemplo</a>

Para saber más podeís visitar la web w3schools.

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